學校對醫學教育實行“條塊結合”的領導與管理體制。醫學部作為學校派出機構，全面統籌、協調、管理所屬二級學院人才培養、學科建設、科學研究，在人、財、物方面擁有更多相對獨立的管理權。

 學校負責醫學教育總體發展規劃的制定、大型基礎條件保障以及學部和所屬各單位相應干部的任免；統籌跨學部層面的教學、學科建設、科學研究活動；學校對醫學部財務進行宏觀管理。

 醫學部和醫學部黨工委在學校統一領導下全面統籌、協調、管理醫學部所屬各單位的人才培養、科學研究、學科建設、社會服務、國際交流與合作等工作;對醫學部內主要干部任免具有充分建議權，參與學校黨委對所屬各單位（包括附屬醫院）相應干部的選拔、推薦、任用、考核和管理；統籌協調醫學部及所屬各單位的人力資源，統籌調配醫學部財力和相關物力等資源;在學校授權下可代表學校履行其他職權等。醫學部主要職責是：

 （一）制訂學部的發展規劃，并對學部內各學院的發展規劃進行審定，督促學院落實學校、學部制訂的政策和規劃等；

 （二）負責學部的人才培養、教學組織和質量監控，規劃學部專業設置、招生規模，領導制定醫學部各專業本科生、研究生培養方案，統一規劃教學實習、實訓基地建設。做好繼續教育和相關培訓工作；

 （三）負責人才培養規劃和學部內人才隊伍建設，負責各類人才引進工作；

 （四）統籌、協調學部的學科建設與科學研究，負責醫學學科公共平臺建設與管理，組織協調學部內跨學院科研項目的申報；

 （五）統籌、協調和組織管理醫學部職稱評定、學位審定與授予、導師遴選等工作;

 （六）負責學部學風建設，配合校學術道德委員會查處學部內學術不端行為；

 （七）受學校及職能部門委托組織、管理、協調其他有關工作。

 有關學院設置保持不變，校院兩級管理架構下的責權利基本不變。學院的主要職責是：

 （一）在醫學部指導下，制定本學院學科規劃和具體建設方案。落實學校、學部制訂的政策和規劃等；

 （二）負責本學院學生日常管理和思想政治教育、有關招生和就業指導相關工作；

 （三）在醫學部指導下制訂或實施本科生與研究生培養計劃，組織實施教學任務，進行課程建設和教學質量的管理與考核；

 （四）組織本學院科學研究和社會服務相關工作，開展多層次、多形式的學術交流活動；

 （五）負責本學院人才隊伍建設，推薦并初審各類引進人才。進行專業技術職務評聘的初審和推薦；

 （六）在醫學部統籌下，掌握并調配校院兩級財務管理體制下的本學院的教學、科研、學科建設和行政事務經費及其它資源；

 （七）負責本學院黨建日常工作和群團工作。